Inicjatywa ustanowienia odznaczenia Krzyż Niepodległości zrodziła się w 1928 r., na wniosek Aleksandry Piłsudskiej, a z wnioskiem dotyczącym naprawienia krzywd, jakie spotkały liczne rzesze zasłużonych w pracy nad zdobyciem niepodległości, a pominiętych w dotychczasowych listach odznaczeniowych Orderu Odrodzenia Polski do Prezydenta Ignacego Mościckiego i premiera Kazimierza Bartla wystąpił w listopadzie 1928 r. gen. Kazimierz Sosnkowski.
Wkrótce potem na posiedzeniu odbytym w Belwederze 18 grudnia 1928 r. powołana została Główna Komisja Odznaczeniowa, której celem było przygotowanie list osób, które miały otrzymać nowe odznaczenia.
Powołano 27 komisji środowiskowych: Powstanie 1863 r., Polska Partia Socjalistyczna, Sprawa Klińskiego i zaburzenia na Uniwersytecie Warszawskim, Narodowy Związek Robotniczy, Strajki szkolne w byłym zaborze rosyjskim, Chełmszczyzna, Tajna Akcja Oświatowa, Przygotowanie Ruchu Zbrojnego 1907-1914, Związek Walki Czynnej i Związek Strzelecki", Polskie Drużyny Strzeleckie i Organizacja Zarzewie, Organizacja Młodzieży Narodowej, Organizacja Filarecja, Organizacja Zaranie, Legiony Polskie, Polska Organizacja Wojskowa oraz sprawy odznaczeń dla Harcerstwa i Organizacja Sokół, Centralny Komitet Narodowy, Akcja kolejarzy, Liga kobiet, Pomoc żołnierzowi Polskiemu, Formacje Polskie na Wschodzie, Dywizja Syberyjska, Armia Polska we Francji, Komitet Obrony Narodowej w Ameryce, Powstanie Poznańskie, Powstania Górnośląskie, Jeńcy i Więźniowie Ideowi, Organizacje Niepodległościowe w Rosji Centralnej, Strzelcy Nadniemeńscy i Związek Obrońców Ojczyzny, Śląsk Cieszyński, Komisja Ogólna.
W 1938 powstała nowa komisja Powstanie na Śląsku Cieszyńskim za Olzą. Komisje środowiskowe miały także typować kandydatów do istniejących odznaczeń: Orderu Odrodzenia Polski oraz Krzyża Zasługi.
Na posiedzeniu Głównej Komisji Odznaczeniowej w dniu 11 marca 1929 zaproponowano utworzenie specjalnego odznaczenia dla osób zasłużonych dla niepodległości. W lipcu 1929 koncepcja odznaczenia pod nazwą Krzyża Niepodległości została przyjęta przez Komisję, a następnie rozporządzeniem Prezydenta RP ustanowiono nowe odznaczenie.
10 marca 1937 przyjęto ustawę o zmianie rozporządzenia Prezydenta, umożliwiając nadawanie Krzyża do 30 czerwca 1938 r. Natomiast 19 października 1938 r. Prezydent dokonał zmiany rozporządzenia, umożliwiając przyznawanie Krzyża dla osób, które zasłużyły się czynnie: "w okresie walk powstańczych o wyzwolenie w roku 1938 Śląska Cieszyńskiego za Olzą" (tzn. podczas zajęcia Zaolzia).
Odznaczenie nadawał Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej, któremu osobę odznaczoną przedstawiał Prezes Rady Ministrów na podstawie wniosków Komitetu Krzyża i Medalu Niepodległości, który ukonstytuował się 7 listopada 1930 r. Komitet ten składał się z pierwszych dziesięciu osób wyróżnionych Krzyżem Niepodległości.
Koszty odznak i dyplomów pokrywali odznaczeni. Według pierwotnego brzmienia rozporządzenia, można było nadawać odznaczenie tylko do 31 grudnia 1932, następnie do 30 czerwca 1938, a za Zaolzie do 31 marca 1939.
W latach 1930-1938 nadano:
- Krzyż Niepodległości z Mieczami – 1817 osobom, w tym 323 razy pośmiertnie;
- Krzyż Niepodległości – 35 271 osobom, w tym 7917 razy pośmiertnie;
- Medal Niepodległości – 51 665, w tym 3019 razy pośmiertnie.
Typowanie kandydatów do odznaczenia miało, co należy podkreślić rodzaj rozgrywki politycznej, prowadzono w ramach niej selekcje kandydatów i dyskryminowanie osób uznanych za przeciwników politycznych. Wśród osób, którym nie przyznano tego odznaczenia należy wymienić gen. Józefa Hallera, gen. Józefa Dowobor-Muśnickiego, czy Wojciecha Korfantego.
W ustawie z dnia 10 marca 1937 roku wprowadzono w art. 9 przepis o możliwości odebrania odznaczenia, w którym określono, że odznaczenie traci się w wyniku wyroku sądu powszechnego orzekającego o utracie odznaczeń oraz na mocy orzeczenia Sądu Honorowego powołanego na mocy tej ustawy wybieranego spośród odznaczonych na 6-letnie kadencje, co dwa lata 1/3 składu miała być wymieniana, orzeczenie to musiało być zatwierdzone przez Prezydenta.
Sąd Honorowy odebrał Odznaczenie w 67 przypadkach.
Posiadaczom Odznaczenia przysługiwało, m.in.:
- prawo do zniżki kolejowej;
- prawo pierwszeństwa ich dzieci przy przyjmowaniu do szkół państwowych i publicznych, do szkół samorządowych i zakładów naukowych oraz o zwolnienia od opłat administracyjnych w tych szkołach i zakładach;
- prawo do zaliczenia do wysługi emerytalnej okresu działalności zmierzającej do odzyskania niepodległości;
- prawo pierwszeństwa przy obsadzaniu stanowisk w urzędach, przedsiębiorstwach;
- prawo otrzymania pracy.
Projektantem odznak był artysta malarz prof. Mieczysław Kotarbiński, a wykonawcą większości odznaczeń pracownia Wiktora Gontarczyka.
W starszeństwie polskich orderów i odznaczeń, Krzyż Niepodległości zajmował miejsce przed Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski (IV klasy), a Medal Niepodległości przed Srebrnym Krzyżem Zasługi.
Odznaczenie zostało wznowione na mocy dekretu z 12 sierpnia 1954 r. Prezydenta RP na Obczyźnie Augusta Zaleskiego pod nieco zmienioną nazwą Krzyża i Medalu Niepodległości Polski Podziemnej.